Der Bundesverband hat in den vergangenen Jahrzehnten mit zahlreichen Kampagnen und Projekten dazu beigetragen, dass die so genannten "vergessenen Opfer" des Nationalsozialismus als solche anerkannt und materiell entschädigt wurden. Hierzu zählten vor allem auch die Opfer der NS-Militärjustiz, die vom Bundesverband bei ihrem Kampf um eine gesetzliche und gesellschaftliche Rehabilitierung tatkräftig unterstützt wurden.

Im Verlauf seiner Arbeit für die Überlebenden der nationalsozialistischen Gewaltherrschaft war es dem Bundesverband stets ein Anliegen, insbesondere NS-Verfolgten zu helfen, denen auch Jahrzehnte nach Ende des Zweiten Weltkrieges eine Anerkennung des zugestoßenen Leids und materielle Entschädigung versagt blieb.

Eine Verfolgtengruppe, der bis in die 1990er Jahre jegliche Anerkennung des erlittenen Unrechts verwehrt worden war, bildeten die Opfer der NS-Militärjustiz. So wurden Deserteure, Kriegsdienstverweigerer und "Wehrkraftzersetzer" von der bundesdeutschen Justiz grundsätzlich nicht als Opfer des Nationalsozialismus anerkannt. Hinzu kam die gesellschaftliche Ausgrenzung und Diskriminierung der Betroffenen, die als "Vaterlandsverräter" und "Feiglinge" beschimpft wurden. Um den Opfern der Miltärjustiz zu ihrem Recht zu verhelfen und sie gesellschaftlich und gesetzlich zu rehabilitieren, gründete sich im Jahr 1990 die Bundesvereinigung Opfer der Militärjustiz. Die Bundesvereinigung kämpfte über viele Jahre für die Rechte der Betroffenen und erfuhr dabei tatkräftige Unterstützung von der Partei "die Grünen" und vom Bundesverband, der sich für die Militärjustizopfer auf vielfältige Weise stark machte. Neben seiner beratenden und informierenden Funktion leistete der Bundesverband zunächst vor allem Öffentlichkeitsarbeit, um auf die Situation der Betroffenen aufmerksam zu machen. Auf eine enorm hohe Resonanz stieß die 1994 in der Schriftenreihe des Bundesverbandes erschienene Dokumentation „Opfer der NS-Militärjustiz. Zur Notwendigkeit der Rehabilitierung und Entschädigung”. Die Broschüre, die neben Manfred Messerschmidt von Günter Saathof und Franz Dillmann erstellt wurde, entstand in Kooperation mit der Bundesvereinigung Opfer der Militärjustiz. Das Gemeinschaftswerk war von herausragender Bedeutung, da es dem Tabutthema in der deutschen Öffentlichkeit erstmals eine große Aufmerksamkeit verschaffte. Die Schrift beleuchtete das Unrecht der NS-Militärjustiz sowie die Ausgrenzung der Opfer aus der Rehabilitierung und Entschädigung und bildete damit die Grundlage für weitere Aktivitäten des Bundesverbandes.

Das fortwährende Engagement des Bundesverbandes, der Bundesvereinigung und der "Grünen" führte im Jahr 1997 zu einem ersten Erfolg, als der Bundestag erstmals eine eigene Entschädigungsleistung für die Opfer der Militärjustiz verabschiedete. Der Bundesverband stand den Betroffenen nach Inkrafttreten des neuen Gesetzes beratend zur Seite und betrieb zusätzlich eine umfangreiche Archivrecherche, da von den Überlebenden vielfach Beweisdokumente für das ihnen zugefügte Leid gefordert wurden. Zudem blieb für den Bundesverband weiterhin viel zu tun, da durch die neuen Regelungen zahlreiche Opfer der Militärjustiz als solche weiterhin nicht anerkannt und von Entschädigungsleistungen ausgeschlossen wurden. Unser Verein machte daher durch Pressemitteilungen, Presseerklärungen oder etwa in dem Appell „Opfer der NS-Militärjustiz: Demütigung der Überlebenden” immer wieder auf die Misstände aufmerksam. Weitere fünf Jahre mussten allerdings vergehen, bis die Opfer der Militärjustiz  zu ihrem vollem Recht gelangen sollten und der Bundestag im Jahr 2002 endlich die pauschale Rehabilitierung aller Deserteure, „Wehrkraftzersetzter” und Kriegsdienstverweigerer beschloss. Das langjährige Engagement des Bundesverbandes sowie der Bundesvereinigung hatte so – wenn auch leider viel zu spät – endlich zum Erfolg geführt.